Michel CHAPUIS a été le pionnier d'un véritable renouveau de la musique d'Orgue en France.
Actuellement organiste du grand-orgue CLICQUOT-CATTIAUX de la chapelle royale du Château de Versailles, il a été également titulaire de l'Orgue de Saint Séverin à Paris. dont il a dirigé la restauration de 1964.
Successivement professeur aux conservatoires de Strasbourg, Besançon et au conservatoire national supérieur de musique de Paris, il a enseigné également l'orgue dans les académies de Saint-Maximin, Semur-en-Auxois et Saint-Bertrand de Comminges
Sa discographie comprend, outre l'intégrale des oeuvres pour orgue de J.S. BACH et D. BUXTEHUDE, les oeuvres complètes de François COUPERIN, Nicolas de GRIGNY, François ROBERDAY, Louis Nicolas CLERAMBAULT, Pierre DUMAGE, etc...
Plusieurs fois grand prix du disque, sa carrière l'a emmené en Allemane, Hollande, Belgique, Danemak, Italie, Espagne, Suisse, Japon, Russie, Angleterre, Etats-Unis, etc...
Rapporteur auprès de la Vè section de la commission supérieure des monuments historiques, il est par ailleurs Chevalier de la Légion d'Honneur, Officier de l'Ordre National du Mérite et Commandeur des Arts et Lettres.